ספר צפנת פענח, "ביאור כתובים זרים שבספר קהלת... ביאור כולל בספר איוב... רמז נכון על מצות פרה אדומה", מאת רבי שמואל הכהן די פיזא לוזיטאנו. ונציה, "שנת התי"ו" [ת' 1640]. מהדורה יחידה.
הדפסתו של ספר זה הייתה שנויה במחלוקת. רבי שמואל אבוהב התנגד להדפסתו, וכך הוא כותב במכתב לרבי יוסף מליריאה, שליח צפת (שו"ת דבר שמואל, ונציה תס"ב, דף טו ע"א, סוף סימן לז): "ועל מה שרמז מר מחידושי ס' פי' קהלת ואיוב... וקראו בשם צפנת פענח... אוי לדור שכך עלה לו בימיו, ורב לי הזמן שהצער הזה מתחולל בקרבי מאד עצור בעצמותי, ובעת הראות לי אותו הספר בכתב ידו של המחברו רמזתי בתשובתי אליו קצת צערי למונעו על הדפסתו, אבל הייתי צועק לשעבר ושרי להו מרייהו לבאים שם על החיתום". בדבריו הוא רומז כנראה לרבי יהודה אריה מודינא ולרבי שמחה לוצאטו שקשרו בראש הספר שירים ותשבחות למחבר, והוא מבקר אותם שלא הסתייגו מדעות המחבר. החוקרים מציעים כמה אפשרויות על מה כעס רש"א, ביניהן האפשרות שכעס על חישוב הקץ שהזכיר המחבר, שעשוי לייאש מן הגאולה.
החוקרים חלוקים בשאלת תאריך הדפסת הספר. בשער נכתב "שנת התי"ו", והיו מי שסברו שהכוונה היא לשנת תט"ז. למרות שבראש הספר מופיע שיר לכבוד המחבר מאת רבי יהודה אריה ממודינא, שנפטר בשנת ת"ח, סבורים אותם חוקרים כי הספר נדפס שמונה שנים לאחר פטירת ריא"מ (בלוי, כתבי הרב יהודה אריה ממודינא, בודפשט תרס"ו, עמ' 161; בן-יעקב, אוצר הספרים, א, עמ' 512 מס' 186). לעומתם סבורים בניהו ויערי כי הספר נדפס בשנת ת'. יערי תומך זאת בשירו של ריא"מ, שסביר יותר שנכתב בסמוך להדפסה, ובניהו תומך זאת בתיארוך שלו למכתב של רבי שמואל אבוהב נגד הספר לשנת ת"א, שממנו עולה שהספר נדפס לפני ת"א. במפעל הביבליוגרפיה ציינו גם לדברי המחבר בדף יא/1: "ובהיות שחסרים עדין למלאת האלף הששי שש מאות שנה...", המוכיחים כי לכל הפחות כתיבת הספר היתה לפני שנת ת'.
בראש הספר, דף [2], שיר שקול של רבי יהודה אריה מודינא על מלאכת הספר: "על קהלת / ודבר כל איש / נגד איוב / חרה אפו // גם רמז על / חקת פרה... מדבר בעבודות(!) אהבה רבה, נעצב וצעיר יהודה אריה ממודינא". בדף ד/2 הקדמת המחבר, ולדברי יהודה בלוי, בהשוואה לכתבים של ריא"מ, הקדמה זו נכתבה אף היא על ידי ריא"מ.
על השער דגל המחבר - מגן עגלגל שבשוליו זר עלי גפן, במרכזו ידי כהן שעליהן כתר כהונה, ומסביב הפסוקים "ארחץ בנקיון כפי... כן אברכך בחיי..." (ראה: א' יערי, "ידי-כהן בדגלי המדפיסים", קרית ספר, 16, תרצ"ט, עמ' 269 הערה 12).
[4], ג-לג [צ"ל: לא] דף. 19.5 ס"מ. מצב בינוני-טוב. כתמים, בהם כתמי רטיבות וכתמי דיו כהים. קרעים וקרעים חסרים בשולי הדפים, ללא פגיעה בטקסט. רישומים בדף המגן. רישומים מחוקים בשער. חותמות, מחוקות בחלקן. כריכה חדשה.
ספרות: ח' ניפי, "זכר צדיקים לברכה", בתוך: מ"ש גירונדי, תולדות גדולי ישראל וגאוני איטליה, טריאסט תרי"ג, עמ' 327-329, סי' כא; נ"ש ליבאוויטש, רבי יהודה אריה מודינא: בקומתו וצביונו, ניו יורק תרס"א, עמ' 109; י' בלוי, כתבי הרב יהודה אריה ממודינא, בודפשט תרס"ו, עמ' 161 הערה 4; מ' בניהו, דור אחד בארץ, ירושלים תשמ"ח, עמ' קלט-קמ; מ' בניהו, "עמדתם של רבי משה זכות ורבי שמואל אבוהב בפולמוסים שנתעוררו בקרב אנוסי פורטוגל ששבו ליהדות", ספר יובל לשלמה סימונסון, תל אביב תשנ"ג, עמ' לד; דיואן לר' יהודה אריה ממודינה, מהד' ברנשטיין ודוידזון, פילדלפיה תרצ"ב, עמ' 85 סימן מ.