אחד עשר ספרים מספרות הגאונים, רבים מהם חיבורים שיצאו לאור לראשונה על פי כתבי-יד:
1. ספר קובץ מעשי ידי גאונים קדמונים, חלק ראשון, פירוש רבינו רב האי גאון על סדר טהרות, וחלק שני, פיוטים מגאונים קדמונים, יוצאים לאור על ידי רבי יהודה רוזנברג. ברלין, תרט"ז [1856].
2. ספר תשובות דונש הלוי בן לברט על רבי סעדיה גאון, השגות על תרגום רבי סעדיה גאון למקרא, עם מבוא והערות בגרמנית. ברסלויא, [תרכ"ו] 1866.
3. ספר תשובות הגאונים (שערי תשובה), עם הגהות איי הי"ם, מאת רבי ישראל משה חזן. ליוורנו, [תרכ"ט 1869].
4. ספר חלוף מנהגים, בין בני בבל לבני ארץ ישראל, יוצא לאור על פי כתבי-יד עם ביאור מאת יואל הכהן מילר. וינה, תרל"ח [1878].
5. ספר אלדד הדני, סיפוריו והלכותיו במהדורות שונות, על פי כתבי-יד ודפוסים עתיקים, עם מבוא והערות, בצרוף מאמר על הפלשים ומנהגיהם, מאת רבי אברהם עפשטיין. פרשבורג, תרנ"א 1891.
6. ספר גנזי ירושלים, קובץ דברי תורה וחכמה, מליצה ושיר מכתבי יד אשר היו עד עתה ספונים בגנזי הספרים בירושלים, חוברת ראשונה-שלישית, מאת רבי שלמה אהרן ורטהיימר. ירושלים, [תרנ"ו-תרס"ב 1896-1902]. כל שלושת החוברות, בכרך אחד.
7. ספר קהלת עם פירוש רבינו סעדיה גאון, יוצא לאור מתוך כתב-יד נושן עם מראה מקומות, על ידי דוד פרענקל. הוסיאטין, תרס"ג 1903. מחבר הפירוש האמיתי הוא סלמון בן ירוחם הקראי.
8. ספר פירוש שלש עשרה מדות שהתורה נדרשת בהם, מאת רבי סעדיה גאון, יוצא לאור על פי כתב-יד שבאוקספורד, על ידי חיים יהודה ערנרייך. קלויזנבורג, [תרפ"ב 1922].
9. ספר גאון הגאונים, קובץ דברי הגאונים הקדמונים על פי כתבי-יד ישנים, חלק ראשון, עם הערות ומבוא, מאת רבי שלמה אהרן ורטהיימר. ירושלים, תרפ"ה [1925].
10. מספרות הגאונים, תשובות הגאונים ושרידים מספרי ההלכה מתוך כתבי-יד של ה"גניזה" ומקורות אחרים, עם מבואות, הערות ומראי מקומות, מאת שמחה אסף. ירושלים, תרצ"ג [1933].
11. גנזי-קדם, מאסף מדעי לתקופת הגאונים, ספר ראשון-רביעי, ערוך בידי ד"ר בנימין מנשה לוין. חיפה-ירושלים, תרפ"ב-תר"צ [1922-1930]. חסרים שני דפים בסוף החלק השלישי. ארבעה חלקים בכרך אחד.
11 ספרים. גודל ומצב משתנים.
מאוסף ר' שמואל אשכנזי ז"ל.